玉米南方锈病主要为害叶片、叶鞘，也可侵染苞叶和雄穗，影响作物光合作用和籽粒灌浆成熟，主要在玉米抽雄后的生育阶段发生。发生严重时，全株干枯，植株早衰，重病田可造成玉米减产20%以上。

华北、东北等主产区降水集中，易发生渍涝灾害。渍涝退水导致土壤养分淋洗损失，后期难以满足玉米灌浆期养分供应，极易造成玉米脱肥，后期补肥更加迫切。